2021年，昌平区累计接种新冠疫苗389万剂次，“加强针”接种量突破50万人。组织6850家企业开展常态化环境核酸检测。
截至2021年，昌平区共有卫生机构1141个，其中医院85个，社区卫生服务站151个（含社区服务中心）。卫生机构共有床位12247张，其中医院床位11942张。卫生技术人员19611人，其中执业（助理）医师7437人，注册护士8626人。医疗机构共诊疗1276.7万人次。未接到甲类传染病报告，乙类传染病发病率80.63/10万，乙类传染病死亡率0.09/10万。
