昌平园成立于1991年，原名北京市新技术产业开发试验区昌平园区，1999年更名为中关村科技园区昌平园。2009年，成为中关村国家自主创新示范区核心区的重要组成部分。

　　2012年10月，国务院批复中关村国家自主创新示范区昌平园政策区空间规模扩大至51.4平方公里，涉及29宗地块，13个镇街，占中关村总面积（488平方公里）的10.5%，面积位列全市“一区十六园”第3位，包括未来科学城、昌平园中心区、中关村生命科学园、国家工程技术创新基地等重点功能区，以及北汽福田产业基地、百善通用航空产业园、南口三一产业基地、国际信息产业园、马池口埝头工业园等专业园区。